自治权被废除后,科索沃面临着国家有组织的压迫:自20世纪90年代初,阿尔巴尼亚语广播和电视受限,报刊被停,科索沃阿尔巴尼亚族被公共企事业单位开除的现象大量涌现,涉及银行、医院、邮局和学校。1991年6月,普里什蒂纳大学的集会和数个教师会被消除,阿尔巴尼亚族教师于1991年9月开始的新学年被禁止进入校舍,学生只得在家中自习。
随着时间的推移,阿尔巴尼亚族于1996年建立了科索沃解放军,发动了针对贝尔格莱德的叛乱。1998年初,双方爆发武装冲突,同年10月15日签署北约促成的停火协议,两个月后双方再次撕约交战。1999年1月,据报道有45名阿尔巴尼亚人在拉查克大屠杀中遇害,北约决定只能引入维和部队强行克制双方才能解决冲突。3月23日,《朗布依埃协议》失败,南斯拉夫拒绝外来维和部队,北约准备以武力部署维和人员。